檢測新型冠狀病毒特異序列的方法最常見的是熒光定量PCR（聚合酶鏈式反應）。因PCR反應模板僅為DNA，因此在進行PCR反應前，應將新型冠狀病毒核酸（RNA）逆轉錄為DNA。在PCR反應體係中，包含一對特異性引物以及一個Taqman探針，該探針為一段特異性寡核苷酸序列，兩端分別標記了報告熒光基團和淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；如反應體係存在靶序列，PCR反應時探針與模板結合，DNA聚合酶沿模板利用酶的外切酶活性將探針酶切降解，報告基團與淬滅基團分離，發出熒光。每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子產生。熒光定量PCR儀能夠監測出熒光到達預先設定閾值的循環數（Ct值）與病毒核酸濃度有關，病毒核酸濃度越高，Ct值越小。不同生產企業的產品會依據自身產品的性能確定本產品的陽性判斷值。

對於新型冠狀病毒的核酸檢測，首先根據試劑盒說明書”樣本要求“部分進行樣本采集，常規的樣本類型包括咽拭子、鼻拭子、痰液、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液等。

獲得患者樣本後，需盡快進行檢測，如無法立即檢測需要轉運的樣本，應按照說明書的要求進行低溫封裝，並送到專門的檢測機構進行檢測。檢測機構收到樣本後，對樣本進行核酸提取，核酸提取試劑應使用批準產品說明書中指定的核酸提取試劑盒。

病毒RNA需要首先逆轉錄為cDNA，再進行擴增檢測。PCR擴增和檢測應使用批準產品說明書中指定的熒光定量PCR儀，通過熒光定量PCR所得到的樣本Ct值的大小，可以判斷患者樣本中是否含有新型冠狀病毒。

上述過程中樣本的采集、保存、轉運，樣本核酸的提取和檢測、結果的判讀均須嚴格按照試劑盒說明書要求進行。